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記者30日從內蒙古科學技術廳獲悉,內蒙古大學左永春教授科研團隊在哺乳動物早期胚胎發育的生物信息學研究領域取得重要科研進展,相關成果以《探索哺乳動物胚胎發生時空激活的綜合地圖集》為題,近日發表于國際學術期刊《核酸研究》。該研究得到國家自然科學基金和自治區關鍵技術攻關項目的支持。
近年來,哺乳動物發育生物學領域已積累了海量的研究資源和多組學數據,但這些數據資源規模大、維度高、信息碎片化嚴重,缺乏有效組織整理的資源庫。為此,內蒙古大學科研團隊利用生物信息學和計算生物學方法創建完成了哺乳動物早期發育的多組學資源庫與分析云平臺。
科研團隊首先完成了基于12種前沿測序技術產生的821個數據集,涉及人、小鼠等物種的9113個樣本。隨后,將這些數據根據植入前胚胎、胎兒、新生兒的時空發育順序進行歸檔整理,共涉及65個不同發育時間點的組織類型和116種細胞類型。此外,23個權威功能知識庫的發育相關注釋也被人工審編并整合到該數據庫。最終,團隊構建完成了包含64TB的組學數據和信息注釋的資源庫,開發了哺乳動物發育多組學在線分析云平臺EmAtlas。
隨著用戶的積極反饋,該平臺將會新增更全面的數據資源和分析工具。EmAtlas可以為發育領域的研究人員和臨床醫師提供有力的分析手段,并為人類遺傳疾病、干細胞醫療、輔助生殖和畜牧繁育等提供新的研究思路。同時,該云平臺還可以實現從發育的兩個尺度(時序、空間),從宏觀到微觀的五個維度(組織、細胞、基因組、基因、蛋白質)解析哺乳動物早期發育進程。?